SBC ceRNA芯片简介
sbc cerna芯片
环状rna（circrna）在真核生物中广泛存在的发现使转录家族又增加了重要一员，lncrna研究也正如火如荼，复杂的转录、转录调控网络研究如何走捷径？sbc cerna芯片是一个全转录组+产品，不仅同时检测circrna、lncrna等非编码rna和编码蛋白的mrna,并同时获得circrna、lncrna功能预测结果，为进一步功能研究提供参考。circrna、lncrna作为竞争性内源rna（cerna），竞争性结合mirna，从而调控mirna靶基因的表达,这样的作用方式广泛存在，cerna芯片也同样是cerna研究的不二之选。
基因芯片作为一个成熟的技术平台，二十几年来被广泛用于基因表达谱的检测。对于lncrna、circrna基因表达谱检测，基因芯片比rna测序有许多重要且不可替代的优势：
芯片利用寡核苷酸探针与目的基因碱基互补杂交、扫描获得的荧光信号来检测表达丰度。与rna测序相比，芯片检测的准确性受低丰度转录本的影响更小，更适合检测整体表达丰度低的lncrna、circrna。由于提高测序深度会增加加工不完全rna的检出机率，提高测序深度可能引起可靠性的下降。
lncrna不具有蛋白的翻译起止位置，rna测序对lncrna转录本鉴定的可靠性要低于mrna。而芯片探针较短可以进行特异性设计，检测更特异。
circrna具有特殊的环状结构，但其线性序列和线性基因难以区分，需要单独的去线性建库才能利用rna测序来检测circrna，不能同时检测多种rna。
芯片设计策略：
human cerna芯片设计流程图
探针设计策略：
芯片特点:
·circrna探针设计在反向剪接位点，特异性强
·技术成熟、灵敏度高：芯片比测序更适合检测表达量低的lncrna、circrna
·实验周期短，数据分析方法成熟、快速
·收录lncrna、circrna全面、可靠，并及时更新
·功能机制预测，为深入研究circrna、lncrna生物学功能提供参考，包括：
高保守lncrna；lncrna结合蛋白预测；lncrna生物学功能预测；lncrna亚细胞定位；疾病相关lncrna预测；super enhancer lncrna；enhancer lncrna；疾病相关circrna预测。
主要参数:
原文标题：sbc cerna芯片
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lncrna不具有蛋白的翻译起止位置，rna测序对lncrna转录本鉴定的可靠性要低于mrna。而芯片探针较短可以进行特异性设计，检测更特异。
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·收录lncrna、circrna全面、可靠，并及时更新
·功能机制预测，为深入研究circrna、lncrna生物学功能提供参考，包括：
高保守lncrna；lncrna结合蛋白预测；lncrna生物学功能预测；lncrna亚细胞定位；疾病相关lncrna预测；super enhancer lncrna；enhancer lncrna；疾病相关circrna预测。
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